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PMS2

基本情報

遺伝子名
PMS1 homolog 2, mismatch repair system component
慣用名
HNPCC4, MLH4, PMS2CL, PMSL2
遺伝子分類
がん抑制遺伝子
遺伝子ID
転写産物ID
機能分類
ゲノム安定性の維持
シグナル伝達経路
Core DNA Damage Response
染色体上の位置 (GRCh37/hg19)
7p22.1 (chr7:6013030..6048650, complement)
アミノ酸配列の長さ
862

遺伝子マップ

解説

PMS2は細胞複製時のDNAポリメラーゼによる新生鎖形成において生じる塩基対エラーの修復(ミスマッチ修復)に働くエンドヌクレアーゼである。修復反応は、ミスマッチ部位がMSH2/MSH3またはMSH2/MSH6複合体により認識されところから始まる。続いて、その部位にMLH1/PMS2複合体が結合し、PMS2のエンドヌクレアーゼ活性により新生鎖にニックが入る。そして最後に、EXO1エキソヌクレアーゼが動員され新生鎖の塩基除去が行われた後に、ポリメラーゼδにより複製が行われ完了する。このミスマッチ修復に関わるMLH1, MSH2, MSH6そしてPMS2において機能喪失を引き起こす変異は、ミスペアや単純な繰り返し配列の挿入・欠失を引き起こす。そのため、マイクロサテライト領域 (1から数塩基の塩基配列が繰り返されるDNA配列の領域)においてその影響は顕著となり、繰り返しの数のばらつきが高い頻度で生じるマイクロサテライト不安定性(Microsatellite Instability:MSI)の状態が引き起こされる。ミスマッチ修復異常による変異の蓄積はがん関連遺伝子においても起こるため、腫瘍の発生やその進展の要因となる。ミスマッチ修復関連遺伝子の生殖細胞系列変異は、大腸癌、胃癌、そして子宮内膜癌を若年で発症する常染色体優性遺伝形式の疾患であるLynch症候群との関連が知られている。

がん種別変異頻度Tumor type

遺伝子変異

コピー数変化

遺伝子変異総量(Tumor Mutation Burden)の分布TMB

アミノ酸配列上の変異分布



  • 低悪性度
    神経膠腫
  • 多形膠芽腫
  • 髄膜腫
  • 頭頸部
    扁平上皮癌
  • 唾液腺癌
  • 食道扁平上皮癌
  • 胃腺癌
  • 小腸癌
  • 結腸腺癌
  • 直腸腺癌
  • 肝細胞癌
  • 胆管癌
  • 膵腺癌
  • 肺腺癌
  • 肺扁平上皮癌

  • 神経内分泌腫瘍
  • 胸膜中皮腫
  • 胸腺腫
  • 浸潤性乳管癌
  • 浸潤性小葉癌
  • 化生癌
  • 骨肉腫
  • 消化管間質腫瘍
  • 軟部肉腫
  • 子宮頸癌
  • 子宮類内膜腺癌
  • 上皮性卵巣癌
  • 淡明細胞型
    腎細胞癌
  • 悪性黒色腫
  • 有棘細胞癌

ドライバー変異リスト

参照配列上の
位置
(GRCh37/hg19)
参照配列の塩基 変異の塩基 変異が位置するエクソン番号 変異
(アミノ酸
変化)
変異
(CDS
変化)
COSMIC登録ID (v92) がん化との
関連度による
分類
変異が検出されたサンプル数
chr7:6043355 G A 4 / 15 p.R107W c.319C>T COSV56223415 Tier2 1 / 38
chr7:6027136 CA C 11 / 15 p.L420fs c.1259delT   Tier2 1 / 38