CBFBは、造血（例えばRUNX1)および骨形成(例えばRUNX2)に特異的な多くの遺伝子をマスター制御するPEBP2/CBF転写因子ファミリーのメンバーで、ヘテロ二量体コア結合転写因子のβサブユニットである。この複合体はポリオーマウィルスエンハンサー、T細胞受容体エンハンサーおよびGM-CSFプロモーターのエンハンサーやプロモーターのコア部分に結合し、αサブユニットによるDNA結合を効果的に増強する。また16番染色体の[inv(16)(p13q22)]は、平滑筋ミオシン重鎖11のC末端部分との融合によりコア結合因子βのN末端からなるキメラ融合体を作る。この遺伝子の染色体再編成は、M4Eoサブタイプの急性白血病と関連している。