CDKN2Aの座位には2種類のタンパクp16INK4Aおよびp14ARFがコードされている。p16INK4Aはサイクリン依存性キナーゼ (CDK)阻害分子であり、CDK4/6のサイクリンDへの結合を阻害する。そのため、サイクリンD-CDK4/6複合体によるRBのリン酸化が抑制され、RBによる転写制御因子E2Fの阻害が引き起こされる。その結果、E2Fの制御下にあるG1期からS期への移行に関与する遺伝子群の発現が抑制され細胞周期の進行が停滞する。一方で、p14ARFはMDM2によるTP53の分解を阻害することで、TP53の細胞周期の停止機構やアポトーシスの誘導を促進かつ維持する働きを有する。上記の通り、CDKN2Aの座位より作られるp16INK4Aおよびp14ARFは共にがん抑制遺伝子としての機能を有している。腫瘍における遺伝子変化はがん種横断的に検出されており、欠失や短縮型の遺伝子変化がその大部分を占める。生殖細胞系列における遺伝子変化は、常染色体優性遺伝の疾患である膵臓がん・悪性黒色腫症候群 (家族性異型多発母斑黒色腫症候群, FAMMMPC)や家族性膵癌 (FPC)と関連することが知られている。CDKN2Aは同じくCDK4/6の抑制に働くCDK阻害分子であるCDKN2B (p15INK5B)と近接して存在する。