FANCGはDNAクロスリンク修復に関与する、FAコア複合体の構成分子である。DNA鎖間クロスリンクは、DNA二本鎖切断と同様にその影響は大きくDNA複製の停止を引き起こす。FAコア複合体(FANCA, B, C, E, F, G, L, MおよびFAAP, FAAP24, FAAP100から構成される）は、DNA鎖間クロスリンクによる複製の停止を認識し、そこにDNAエンドヌクレアーゼを動員することでクロスリンクの前後にニックを入れる。そして、そのニックは相同組み換え修復により修復されることで一連の修復過程が完了する。FANCCの生殖細胞変異は、遺伝性骨髄不全症候群であるファンコニ貧血の患者において見られる。