FANCLはDNAクロスリンク修復に関与する、FAコア複合体の構成分子である。DNA鎖間クロスリンクは、DNA二本鎖切断と同様にその影響は大きくDNA複製の停止を引き起こす。DNA鎖間クロスリンクによる複製の停止は、FAコア複合体(FANCA, B, C, E, F, G, L, MおよびFAAP, FAAP24, FAAP100から構成される）に認識され、そこにDNAエンドヌクレアーゼが動員されることで、クロスリンクの前後にニックを入れる。その部位は相同組み換え修復により修復される。FANCLの生殖細胞変異は、遺伝性骨髄不全症候群であるファンコニ貧血の患者において見られる。FANCLの喪失とそれに伴う相同組み換え修復の異常は、PARP阻害剤への感受性をもたらすことが知られている。