H3-3AはヒストンH3バリアントH3.3である。ヒストンは、４つのコアヒストン(H2A, H2B, H3, H4)があり、H2A-H2BおよびH3-H4のヘテロ二量体を形成する。H3-H4はさらに重合することで四量体化しDNAと結合する。そこにH2A-H2B二量体が上下から結合することでヌクレオソームが形成される。H3.3は他のヒストンH3バリアントとは異なり細胞周期を通して発現し、プロモーターやエンハンサーといった転写活性に関与する領域や、セントロメア周辺のヘテロクロマチン領域や、テロメア領域に集積する。体細胞遺伝子変異は、小児神経膠芽腫および小児びまん性神経膠腫で、軟骨芽腫および巨細胞腫において認められる。膠芽腫においては、IDH1変異との相互排他性が認められている。