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NF1

基本情報

遺伝子名
neurofibromin 1
慣用名
NFNS, VRNF, WSS
遺伝子分類
がん抑制遺伝子
遺伝子ID
転写産物ID
機能分類
腫瘍形成・増殖
シグナル伝達経路
MAPK
染色体上の位置 (GRCh37/hg19)
17q11.2 (chr17:29422328..29701173)
アミノ酸配列の長さ
2,839

遺伝子マップ

解説

NF1はGTPase-activating protein (GAP)であり、低分子量Gタンパク質RASファミリーのKRAS, NRAS, そして HRASの内在性GTPase活性を増強しGTPの加水分解を促進することで、非活性型のGDP結合型RASへの変換を進めるRASファミリーの抑制因子として働く。腫瘍ではその機能喪失の原因に成り得るフレームシフトバリアントやナンセンスバリアントなどの短縮型バリアントが遺伝子全領域において検出される。NF1の機能喪失は活性型のGTP結合型RASの蓄積につながるため、下流の細胞増殖や抗アポトーシスに関与するMAPKおよびPI3K/Akt/mTORシグナル経路の活性化を引き起こす。生殖細胞系列バリアントは常染色体優性遺伝の疾患である神経線維腫症I型 (Neurofibromatosis 1: NF1),(レックリングハウゼン病)との関連が知られている。体細胞バリアントは、悪性黒色腫、神経膠腫および消化管間質腫瘍において認められる。

シグナル伝達経路

がん種別変異頻度Tumor type

遺伝子変異

コピー数変化

遺伝子変異総量(Tumor Mutation Burden)の分布TMB

アミノ酸配列上の変異分布



  • 低悪性度
    神経膠腫
  • 多形膠芽腫
  • 髄膜腫
  • 頭頸部
    扁平上皮癌
  • 唾液腺癌
  • 食道扁平上皮癌
  • 胃腺癌
  • 小腸癌
  • 結腸腺癌
  • 直腸腺癌
  • 肝細胞癌
  • 胆管癌
  • 膵腺癌
  • 肺腺癌
  • 肺扁平上皮癌

  • 神経内分泌腫瘍
  • 胸膜中皮腫
  • 胸腺腫
  • 浸潤性乳管癌
  • 浸潤性小葉癌
  • 化生癌
  • 骨肉腫
  • 消化管間質腫瘍
  • 軟部肉腫
  • 子宮頸癌
  • 子宮類内膜腺癌
  • 上皮性卵巣癌
  • 淡明細胞型
    腎細胞癌
  • 悪性黒色腫
  • 有棘細胞癌

ドライバー変異リスト

参照配列上の
位置
(GRCh37/hg19)
参照配列の塩基 変異の塩基 変異が位置するエクソン番号 変異
(アミノ酸
変化)
変異
(CDS
変化)
COSMIC登録ID (v92) がん化との
関連度による
分類
変異が検出されたサンプル数
chr17:29483049 G T 2 / 58 p.E37* c.109G>T COSV100648470 Tier2 1 / 204
chr17:29490291 G T 4 / 58 p.E126* c.376G>T COSV62222291 Tier2 1 / 204
chr17:29497003 C T 5 / 58 p.R192* c.574C>T COSV62197492 Tier2 1 / 204
chr17:29527461 C T 9 / 58 p.R304* c.910C>T COSV62192041 Tier2 2 / 204
chr17:29541542 A G 13 / 58 p.Y489C c.1466A>G COSV62194445 Tier2 1 / 204
chr17:29552152 G A 17 / 58 p.G629R c.1885G>A COSV62198667 Tier2 1 / 204
chr17:29553495 C T 18 / 58 p.Q682* c.2044C>T COSV100646956 Tier2 1 / 204
chr17:29556079 C T 21 / 58 p.R816* c.2446C>T COSV62196183 Tier2 1 / 204
chr17:29556144 G A 21 / 58 p.W837* c.2511G>A   Tier2 1 / 204
chr17:29556423 T A 21 / 58 p.Y930* c.2790T>A   Tier2 1 / 204
chr17:29556481 C T 21 / 58 p.Q950* c.2848C>T COSV62201077 Tier2 1 / 204
chr17:29557904 C G 24 / 58 p.S1053* c.3158C>G COSV62228498 Tier2 1 / 204
chr17:29559136 TG T 25 / 58 p.G1082fs c.3245delG   Tier2 1 / 204
chr17:29559797 CG C 26 / 58 p.R1132fs c.3395delG   Tier2 1 / 204
chr17:29560043 C T 27 / 58 p.Q1174* c.3520C>T COSV62192372 Tier2 1 / 204
chr17:29562641 C T 28 / 58 p.R1241* c.3721C>T COSV62191467 Tier2 2 / 204
chr17:29562710 G T 28 / 58 p.E1264* c.3790G>T COSV62202697 Tier2 1 / 204
chr17:29562716 G T 28 / 58 p.E1266* c.3796G>T   Tier2 1 / 204
chr17:29562731 A AT 28 / 58 p.M1271fs c.3812dupT   Tier2 1 / 204
chr17:29562747 G A 28 / 58 p.R1276Q c.3827G>A COSV62196628 Tier2 1 / 204
chr17:29562981 C T 29 / 58 p.R1306* c.3916C>T COSV62193951 Tier2 1 / 204
chr17:29576110 TCGAAGTGTGTG T 30 / 58 p.R1362fs c.4085_4095delGAAGTGTGTGC   Tier2 1 / 204
chr17:29576111 C T 30 / 58 p.R1362* c.4084C>T COSV62191433 Tier1 1 / 204
chr17:29585378 TCCCTCAGAACAGCA T 32 / 58 p.P1398fs c.4191_4204delCCCTCAGAACAGCA   Tier2 1 / 204
chr17:29585404 G T 32 / 58 p.G1406* c.4216G>T COSV62208360 Tier2 1 / 204
chr17:29585516 C G 32 / 58 p.S1443* c.4328C>G COSV62205630 Tier2 2 / 204
chr17:29588751 C T 35 / 58 p.R1534* c.4600C>T COSV62191852 Tier2 1 / 204
chr17:29592251 C T 36 / 58 p.Q1577* c.4729C>T COSV62208520 Tier2 1 / 204
chr17:29592266 G T 36 / 58 p.E1582* c.4744G>T COSV62222974 Tier2 1 / 204
chr17:29652877 C A 37 / 58 p.Y1625* c.4875C>A COSV55985556 Tier2 1 / 204
chr17:29652920 G T 37 / 58 p.E1640* c.4918G>T   Tier2 1 / 204
chr17:29654634 G T 38 / 58 p.E1796* c.5386G>T COSV62213618 Tier2 1 / 204
chr17:29661945 C T 40 / 58 p.R1968* c.5902C>T COSV62199973 Tier2 2 / 204
chr17:29661948 CAA C 40 / 58 p.R1970fs c.5907_5908delAA   Tier2 1 / 204
chr17:29661996 G T 40 / 58 p.E1985* c.5953G>T   Tier2 1 / 204
chr17:29663414 G T 41 / 58 p.G2024* c.6070G>T COSV62199782 Tier2 1 / 204
chr17:29663774 TCAACAATTCCCTTGATGTGG T 42 / 58 p.N2091fs c.6272_6291delACAATTCCCTTGATGTGGCA   Tier2 1 / 204
chr17:29664469 AAGTCAGCTGCTGTCATTGCCTTCCGTTCC A 43 / 58 p.S2172fs c.6515_6543delCAGCTGCTGTCATTGCCTTCCGTTCCAGT   Tier2 1 / 204
chr17:29664515 C G 43 / 58 p.S2186* c.6557C>G   Tier2 1 / 204
chr17:29665117 C CG 45 / 58 p.H2261fs c.6779_6780insG   Tier2 1 / 204
chr17:29665751 CACTT C 46 / 58 p.Y2285fs c.6852_6855delTTAC COSV62192155 Tier2 1 / 204
chr17:29670138 G T 48 / 58 p.G2392* c.7174G>T   Tier2 1 / 204
chr17:29677208 TAC T 50 / 58 p.T2444fs c.7331_7332delCA   Tier2 1 / 204
chr17:29677227 C T 50 / 58 p.R2450* c.7348C>T COSV62193225 Tier2 8 / 204
chr17:29679408 C T 51 / 58 p.Q2531* c.7591C>T COSV62228825 Tier2 1 / 204
chr17:29683585 A ACAAT 52 / 58 p.D2576fs c.7724_7725insAATC   Tier2 1 / 204
chr17:29683999 C A 53 / 58 p.S2587* c.7760C>A   Tier2 1 / 204
chr17:29684008 ACC A 53 / 58 p.P2591fs c.7771_7772delCC   Tier2 1 / 204
chr17:29684326 C T 54 / 58 p.R2637* c.7909C>T COSV62195872 Tier2 1 / 204
chr17:29684360 TTG T 54 / 58 p.F2650fs c.7947_7948delGT COSV62212465 Tier2 1 / 204
chr17:29685622 C T 55 / 58 p.Q2699* c.8095C>T COSV62212231 Tier2 1 / 204
chr17:29686019 G T 56 / 58 p.G2716* c.8146G>T   Tier2 1 / 204