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NF1
基本情報
- 遺伝子名
-
neurofibromin 1
- 慣用名
-
NFNS, VRNF, WSS
- 遺伝子分類
-
がん抑制遺伝子
- 遺伝子ID
- 転写産物ID
- 機能分類
-
腫瘍形成・増殖
- シグナル伝達経路
-
MAPK
- 染色体上の位置 (GRCh37/hg19)
-
17q11.2 (chr17:29422328..29701173)
- アミノ酸配列の長さ
-
2,839
遺伝子マップ
解説
NF1はGTPase-activating protein (GAP)であり、低分子量Gタンパク質RASファミリーのKRAS, NRAS, そして HRASの内在性GTPase活性を増強しGTPの加水分解を促進することで、非活性型のGDP結合型RASへの変換を進めるRASファミリーの抑制因子として働く。腫瘍ではその機能喪失の原因に成り得るフレームシフトバリアントやナンセンスバリアントなどの短縮型バリアントが遺伝子全領域において検出される。NF1の機能喪失は活性型のGTP結合型RASの蓄積につながるため、下流の細胞増殖や抗アポトーシスに関与するMAPKおよびPI3K/Akt/mTORシグナル経路の活性化を引き起こす。生殖細胞系列バリアントは常染色体優性遺伝の疾患である神経線維腫症I型 (Neurofibromatosis 1: NF1),(レックリングハウゼン病)との関連が知られている。体細胞バリアントは、悪性黒色腫、神経膠腫および消化管間質腫瘍において認められる。
シグナル伝達経路
遺伝子変異総量(Tumor Mutation Burden)の分布TMB
アミノ酸配列上の変異分布
- 低悪性度
神経膠腫 - 多形膠芽腫
- 髄膜腫
- 頭頸部
扁平上皮癌 - 唾液腺癌
- 食道扁平上皮癌
- 胃腺癌
- 小腸癌
- 結腸腺癌
- 直腸腺癌
- 肝細胞癌
- 胆管癌
- 膵腺癌
- 肺腺癌
- 肺扁平上皮癌
- 肺
神経内分泌腫瘍 - 胸膜中皮腫
- 胸腺腫
- 浸潤性乳管癌
- 浸潤性小葉癌
- 化生癌
- 骨肉腫
- 消化管間質腫瘍
- 軟部肉腫
- 子宮頸癌
- 子宮類内膜腺癌
- 上皮性卵巣癌
- 淡明細胞型
腎細胞癌 - 悪性黒色腫
- 有棘細胞癌
ドライバー変異リスト
参照配列上の 位置 (GRCh37/hg19) |
参照配列の塩基 | 変異の塩基 | 変異が位置するエクソン番号 | 変異 (アミノ酸 変化) |
変異 (CDS 変化) |
COSMIC登録ID (v92) | がん化との 関連度による 分類 |
変異が検出されたサンプル数 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
chr17:29483049 | G | T | 2 / 58 | p.E37* | c.109G>T | COSV100648470 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29490291 | G | T | 4 / 58 | p.E126* | c.376G>T | COSV62222291 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29497003 | C | T | 5 / 58 | p.R192* | c.574C>T | COSV62197492 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29527461 | C | T | 9 / 58 | p.R304* | c.910C>T | COSV62192041 | Tier2 | 2 / 204 |
chr17:29541542 | A | G | 13 / 58 | p.Y489C | c.1466A>G | COSV62194445 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29552152 | G | A | 17 / 58 | p.G629R | c.1885G>A | COSV62198667 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29553495 | C | T | 18 / 58 | p.Q682* | c.2044C>T | COSV100646956 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29556079 | C | T | 21 / 58 | p.R816* | c.2446C>T | COSV62196183 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29556144 | G | A | 21 / 58 | p.W837* | c.2511G>A | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29556423 | T | A | 21 / 58 | p.Y930* | c.2790T>A | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29556481 | C | T | 21 / 58 | p.Q950* | c.2848C>T | COSV62201077 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29557904 | C | G | 24 / 58 | p.S1053* | c.3158C>G | COSV62228498 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29559136 | TG | T | 25 / 58 | p.G1082fs | c.3245delG | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29559797 | CG | C | 26 / 58 | p.R1132fs | c.3395delG | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29560043 | C | T | 27 / 58 | p.Q1174* | c.3520C>T | COSV62192372 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29562641 | C | T | 28 / 58 | p.R1241* | c.3721C>T | COSV62191467 | Tier2 | 2 / 204 |
chr17:29562710 | G | T | 28 / 58 | p.E1264* | c.3790G>T | COSV62202697 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29562716 | G | T | 28 / 58 | p.E1266* | c.3796G>T | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29562731 | A | AT | 28 / 58 | p.M1271fs | c.3812dupT | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29562747 | G | A | 28 / 58 | p.R1276Q | c.3827G>A | COSV62196628 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29562981 | C | T | 29 / 58 | p.R1306* | c.3916C>T | COSV62193951 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29576110 | TCGAAGTGTGTG | T | 30 / 58 | p.R1362fs | c.4085_4095delGAAGTGTGTGC | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29576111 | C | T | 30 / 58 | p.R1362* | c.4084C>T | COSV62191433 | Tier1 | 1 / 204 |
chr17:29585378 | TCCCTCAGAACAGCA | T | 32 / 58 | p.P1398fs | c.4191_4204delCCCTCAGAACAGCA | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29585404 | G | T | 32 / 58 | p.G1406* | c.4216G>T | COSV62208360 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29585516 | C | G | 32 / 58 | p.S1443* | c.4328C>G | COSV62205630 | Tier2 | 2 / 204 |
chr17:29588751 | C | T | 35 / 58 | p.R1534* | c.4600C>T | COSV62191852 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29592251 | C | T | 36 / 58 | p.Q1577* | c.4729C>T | COSV62208520 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29592266 | G | T | 36 / 58 | p.E1582* | c.4744G>T | COSV62222974 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29652877 | C | A | 37 / 58 | p.Y1625* | c.4875C>A | COSV55985556 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29652920 | G | T | 37 / 58 | p.E1640* | c.4918G>T | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29654634 | G | T | 38 / 58 | p.E1796* | c.5386G>T | COSV62213618 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29661945 | C | T | 40 / 58 | p.R1968* | c.5902C>T | COSV62199973 | Tier2 | 2 / 204 |
chr17:29661948 | CAA | C | 40 / 58 | p.R1970fs | c.5907_5908delAA | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29661996 | G | T | 40 / 58 | p.E1985* | c.5953G>T | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29663414 | G | T | 41 / 58 | p.G2024* | c.6070G>T | COSV62199782 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29663774 | TCAACAATTCCCTTGATGTGG | T | 42 / 58 | p.N2091fs | c.6272_6291delACAATTCCCTTGATGTGGCA | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29664469 | AAGTCAGCTGCTGTCATTGCCTTCCGTTCC | A | 43 / 58 | p.S2172fs | c.6515_6543delCAGCTGCTGTCATTGCCTTCCGTTCCAGT | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29664515 | C | G | 43 / 58 | p.S2186* | c.6557C>G | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29665117 | C | CG | 45 / 58 | p.H2261fs | c.6779_6780insG | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29665751 | CACTT | C | 46 / 58 | p.Y2285fs | c.6852_6855delTTAC | COSV62192155 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29670138 | G | T | 48 / 58 | p.G2392* | c.7174G>T | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29677208 | TAC | T | 50 / 58 | p.T2444fs | c.7331_7332delCA | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29677227 | C | T | 50 / 58 | p.R2450* | c.7348C>T | COSV62193225 | Tier2 | 8 / 204 |
chr17:29679408 | C | T | 51 / 58 | p.Q2531* | c.7591C>T | COSV62228825 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29683585 | A | ACAAT | 52 / 58 | p.D2576fs | c.7724_7725insAATC | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29683999 | C | A | 53 / 58 | p.S2587* | c.7760C>A | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29684008 | ACC | A | 53 / 58 | p.P2591fs | c.7771_7772delCC | Tier2 | 1 / 204 | |
chr17:29684326 | C | T | 54 / 58 | p.R2637* | c.7909C>T | COSV62195872 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29684360 | TTG | T | 54 / 58 | p.F2650fs | c.7947_7948delGT | COSV62212465 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29685622 | C | T | 55 / 58 | p.Q2699* | c.8095C>T | COSV62212231 | Tier2 | 1 / 204 |
chr17:29686019 | G | T | 56 / 58 | p.G2716* | c.8146G>T | Tier2 | 1 / 204 |