RAD54Lは、相同組み換えによるDNA二本鎖切断の修復に関与する。DNA切断部位では、MRN複合体 [MRE11/ RAD50/NBS1(NBN)]、BRCA1そしてCtIPによる複合体が形成され、その5’→3’エキソヌクレアーゼ活性により一本鎖3’末端が作られる。この一本鎖DNAは、RPA(Replication protein A)の結合により安定化される。RAD51は、BRCA2によるRPAとの交換反応により、繊維状のRAD51重合体を形成する。RAD54Lは、そのRAD51に結合し、RAD51重合体の形成促進に働く。次に、RAD51重合体は姉妹染色分体の相同配列部位に侵入し一本鎖の交換反応を行うが、この交換反応の促進にもRAD54Lは関与する。そして、反応の進行に伴い形成されるホリデイジャンクションにRAD54Lは結合し、その分岐点移動を促進させる。以上のように、RAD54Lは相同組み換え修復過程のほぼ全ての段階に関与しその進行を促進する。RAD54Lの体細胞変異は、乳癌、結腸癌そしてリンパ腫において報告はあるが、その頻度は低い。